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Ash Ketchum comienza su viaje en la Región de Johto, hallando a un Pokémon Legendario, Suicune, de la misma manera con la que vio a Ho-Oh al iniciar su viaje en la primera temporada. Captura a un Heracross y un Chikorita (que tiene la particularidad de ser muy cariñosa con Ash y de tenerle celos a Pikachu), además conoce a una niña llamada Cassie, fanática de un equipo de béisbol profesional, los Electabuzz. El objetivo de Ash en esta temporada es ganar en la Liga Johto y tiene su primer combate en Ciudad Violeta/Malva, donde se enfrenta al primer líder de gimnasio, Falkner/Pegaso. Al vencerlo con Charizard, Ash obtiene la Medalla Zafiro/Céfiro, su primera medalla en Johto.